หมู่เกาะที่มีเกาะเล็กเกาะน้อยและสันดอนมากกว่า 4,000 แห่ง คิวบาครอบคลุมระบบนิเวศที่หลากหลาย รวมถึงป่าชายเลน ทะเลทรายเล็กๆ ริมชายฝั่ง และป่าฝน ความหลากหลายของแหล่งที่อยู่อาศัยดังกล่าวได้ก่อให้เกิดสปีชีส์หลายพันชนิดที่ไม่มีที่อื่นบนโลก และมีโอกาสรอดสูง โดยหนึ่งในห้าของประเทศอยู่ในพื้นที่คุ้มครอง นกประมาณ 350 สายพันธุ์

โดย 21 ตัวเป็นนกประจำถิ่น รวมถึงนกที่ตัวเล็กที่สุดในโลก ได้แก่ นกฮัมมิงเบิร์ด ซึ่งอาศัยอยู่ในคิวบา ทำให้ที่นี่เป็นสวรรค์ของคนรักนกอย่างแท้จริง นอกจากนี้ยังเป็นที่ตั้งของฝูงนกฟลามิงโกที่ใหญ่ที่สุดในซีกโลกตะวันตก โดยมีนกฟลามิงโกแคริบเบียนประมาณ 70,000 ตัวและลูกไก่ 50,000 ตัวอาศัยอยู่ Humedal Rio Maximo-Caguey ซึ่งเป็นหนึ่งในหกพื้นที่ในคิวบาที่ได้รับการกำหนดให้เป็นพื้นที่ชุ่มน้ำที่มีความสำคัญระดับนานาชาติ